Historie letectví v regionu má kořeny ještě před vznikem samostatného Československa, Kunovice jsou v současnosti centrem této tradice. Ať již v minulosti nebo v současnosti, hustota činností spojených s letectvím je nejvíce soustředěna kolem kunovického letiště, v lokalitě, kde se nachází i letecké muzeum.
Aktivity pro zachování letadel veteránů v Kunovicích sahají až do 60. let minulého století, kdy se zakladatelé muzea, parašutisté a členové Slováckého aeroklubu Jiří Marek a Alois Hráček spolu s dalšími nadšenci letectví snažili zachránit výsadkové letouny: americký Fairchild a německý Siebel.
Bohužel se jim to nepodařilo. Nekompromisní nařízení ke zničení přišlo od nadřízených orgánů. Obě letadla byla zničena, přičemž v tehdejším Československu šlo o jedny z posledních exemplářů těchto typů letadel.
Samotné muzeum bylo založeno jako volná dobrovolnická organizace v roce 1970 a pod vedením zakladatelů zahajuje pod názvem Slovácké letecké muzeum svou činnost. Nejdříve fungovalo jako muzeum letadel, která se vyráběla přímo v Kunovicích nebo v kooperaci s jinými továrnami. Muzeum bylo nejdříve umístěno v areálu tehdejšího národního podniku LET Kunovice a nebylo běžně přístupné veřejnosti.
Prvním celým letadlem exponátem byl Aero L-29 A Delfín Akrobat z aeroklubu Jaroměř, který je v Kunovicích dnes jediným vystavovaným exemplářem tohoto typu letadla na světě.
Dne 10. 7. 1980 zemřel zakladatel muzea Jiří Marek.
V srpnu 1985 muzeu hrozil poprvé zánik, protože v závodu už nebylo možné letadla skladovat a jiné prostory nebyly k dispozici. To už mělo muzeum 15 letounů, kterým hrozilo sešrotování. Východisko z nouze se naštěstí našlo, když tehdejší ředitel podniku Ing. Stanislav Bouřa vydal povolení na dočasný přesun exponátů v areálu letiště do místa, kterému se říkalo Hektary. Za dva roky na podzim 1987 se ale situace opakovala, když bylo nutné kvůli projektu L-610 uvolnit z bezpečnostních důvodů lokalitu Hektary. V tu bylo v muzeu celkem 18 letounů.
Vedení závodu ani ostatní instituce včetně okresního národního výboru, neměly zájem o vybudování trvalého muzea, a tak se jeho správcem oficiálně stal Slovácký aeroklub Kunovice (“Převzetím sbírky Slováckého leteckého muzea do své péče”), a tím exponáty zachránil. Přispíval na údržbu, i na dopravu nových exponátů a zajistil nový pozemek pro muzeum. V roce 1988 se uzavřela se Zemědělským výrobním sdružením Uh. Hradiště hospodářská smlouva o dočasném bezúplatném užívání pozemku na dobu 12. let (1989-2001). Během let 1989 až 1990 byly prováděny úpravy pozemku a přilehlého okolí včetně stavby oplocení.
V roce 1991 se muzeum zařazením do struktury aeroklubu , jako odbor Muzeum, stalo oficiální součástí Slováckého aeroklubu. Ve stejném roce bylo celé muzeum fyzicky přemístěno, na předem připravený pozemek, kde sídlí dodnes. Obrovskou zásluhu na záchraně muzea měl tehdejší náčelník aeroklubu Ivan Kubíček a ředitel Aerotechniku Kunovice Jaromír Puk.
Po roce 1989 bylo do muzea postupně získáno a přivezeno 11 exponátů převážně vojenských a to 8 letounů, 1 vrtulník, 1 přibližovací radar, 1 vlečný terč a sbírka delaborované podvěšené munice.
Mezi lety 1991 a 2005 bylo opraveno Slováckým aeroklubem ve spolupráci s Leteckými závody, Střední školou leteckou a Aircraft Industries celkem 11 letounů.
Dne 27. 5. 2001 zemřel zakladatel Slováckého leteckého muzea Alois Hráček.
V roce 2005 byla s příslibem dalšího rozvoje muzea, podepsána třístranná Smlouva o spolupráci mezi Slováckým muzeem Uh. Hradiště, Městem Kunovice a Slováckým aeroklubem Kunovice
V roce 2005 Slovácké muzeum Uherské Hradiště, město Kunovice a Slovácký aeroklub začaly revitalizovat areál a připravovat expozici na nadcházející sezonu. V druhé polovině roku společně rozběhli zkušební provoz. Od dubna 2006 byl zahájen provoz pod novým názvem Letecké muzeum Kunovice. Provoz byl organizačně zajištěn Slováckým muzeem Uherské Hradiště p.o. v režimu se stálými pokladními a s pevnou otevírací dobou. Mezi lety 2005 a 2011 byly opraveny Slováckým aeroklubem ve spolupráci se Střední školou leteckou, Aircraft Industries a městem Kunovice celkem 2 letouny.
Dne 1. 8. 2011 byl podepsán Dodatek č.1 ke Smlouvě o spolupráci o poskytnutí 10% z výnosů ze vstupného “na úhradu nákladů na údržbu a opravy letounů”. Bohužel příspěvek nedosahuje potřebné výše, ale za výrazného přispění z vlastního fondu oprav Slováckého aeroklubu se přesto podařilo opravit choulostivé a rozměrné součásti exponátů (např. součásti s plátěným potahem – klapky, kormidla, apod.), doplnit chybějící komponenty a 3 letouny nakonzervovat na zimní období.
V roce 2012 založili bývalí a aktivní muzejníci iniciativu za záchranu muzea, které po letech stagnace začalo připomínat spíše letecké vrakoviště a neexistoval žádný plán rozvoje ani jak stav exponátů a muzea zlepšovat. Skupina muzejníků a aeroklubáků se spojila, zpracovala koncepci provozu a dalšího rozvoje muzea v dlouhodobém časovém horizontu. Tato aktivita „muzejníků z lidu“ vyústila v postupné osamostatnění muzea. Prvním krokem bylo převzetí provozu muzea po desetileté pauze zpět pod křídla Slováckého aeroklubu, který byl po dlouhá léta ochráncem a spoluprovozovatelem muzea, a to díky šéfům aeroklubu a leteckým legendám Ivanovi Kubíčkovi a Stanislavovi Sklenářovi a nestorovi muzea Zdeňkovi Svobodovi.
V druhé polovině roku 2014 byla ukončena Smlouva o spolupráci ze strany Slováckého aeroklubu a snahou aeroklubu bylo muzeum nejen provozovat, ale naplňovat koncepci rozvoje, kterou zpracovali členové muzea a aeroklubu.
V letech 2015 a 2016 pak běžel provoz dle koncepce ve struktuře aeroklubu od novým názvem Letecké muzeum v Kunovicích. Muzeum bylo ekonomicky stabilizováno a odstartoval se jeho další rozvoj. Na základě zkušeností a výsledků z dvouletého zkušebního provozu aeroklub oficiálně založil pobočku, samostatně fungující muzejní instituci s celým názvem Letecké muzeum v Kunovicích pobočný spolek Slováckého aeroklubu Kunovice.
Sezona 2017 tak byla zahájena s významnou podporou aeroklubu a města Kunovice poprvé ve své historii jako samostatný právní a ekonomický subjekt
Dnes více než 30 vystavených exponátů dokumentuje leteckou historii a leteckou výrobu, která stále hraje významnou roli v České republice. Návštěvníci si zde můžou nejen na letouny šáhnout, ale mohou se i podívat do jejich interiérů. Mimo dopravní a sportovní letouny jsou zde vystaveny vojenské letouny, vrtulník a výzbroj Československé lidové armády. Sbírka se postupně systematicky rozrůstá o další exponáty.
Dlouhodobé stání letounů venku i přes maximální nasazení týmu je na exponátech znát a tento stav chátrání je do budoucna neudržitelný. Přesto děláme co je v našich silách, aby se jejich stav postupně zlepšoval.
Od roku 2018 sbírka zapsaná v Centrální evidenci sbírek Ministerstva kultury ČR
Od roku 2019 Člen asociace muzeí a galerií ČR